本發(fā)明提供一種化學(xué)藥物hERG鉀離子通道阻斷作用的定性預(yù)測方法及其系統(tǒng)。所述定性預(yù)測方法包括：確定化學(xué)藥物的分子結(jié)構(gòu)信息；將所述分子結(jié)構(gòu)與已知的與hERG阻斷作用相關(guān)的化合物的分子特征結(jié)構(gòu)進行識別比較，判斷其是否具有所述特征結(jié)構(gòu)，作出定性預(yù)測。本發(fā)明的系統(tǒng)至少包括：輸入模塊、顯示模塊、存儲模塊、數(shù)據(jù)處理模塊、hERG阻斷作用預(yù)測模塊，所述數(shù)據(jù)處理模塊與所述輸入模塊、顯示模塊、hERG阻斷作用預(yù)測模塊、存儲模塊相關(guān)聯(lián)。所述系統(tǒng)和方法能夠在藥物開發(fā)的前期，及時、準確地預(yù)測在研藥物的心臟毒性風險，節(jié)省大量的資金和時間。本發(fā)明所述系統(tǒng)的架構(gòu)具有良好的靈活性和可擴展性，可以方便的應(yīng)用于對化學(xué)藥物其他生物活性的預(yù)測中。