本申請(qǐng)公開了一種基于圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的藥物小分子性質(zhì)預(yù)測方法、裝置及設(shè)備，涉及人工智能技術(shù)領(lǐng)域，可解決目前對(duì)藥物小分子性質(zhì)預(yù)測的效率較低、準(zhǔn)確度不高的技術(shù)問題。其中方法包括：依據(jù)目標(biāo)藥物小分子的化學(xué)分子結(jié)構(gòu)生成分子圖結(jié)構(gòu)，以及依據(jù)所述目標(biāo)藥物小分子的官能團(tuán)中間結(jié)構(gòu)生成分子子圖結(jié)構(gòu)；利用目標(biāo)圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型確定所述分子圖結(jié)構(gòu)對(duì)應(yīng)的第一特征向量，以及所述分子子圖結(jié)構(gòu)對(duì)應(yīng)的第二特征向量；根據(jù)所述第一特征向量和所述第二特征向量構(gòu)建第三特征向量，并將所述第三特征向量輸入訓(xùn)練完成的性質(zhì)預(yù)測模型中，得到所述目標(biāo)藥物小分子的性質(zhì)預(yù)測結(jié)果。本申請(qǐng)適用于基于人工智能技術(shù)，實(shí)現(xiàn)對(duì)藥物小分子性質(zhì)的智能化預(yù)測。