公開了一種地層相對地質(zhì)年代自動排序方法及系統(tǒng)。該方法及系統(tǒng)可以包括：對三維地震樣點(diǎn)按照設(shè)定順序依次檢測；按照設(shè)定順序檢測到的第一個極值點(diǎn)的相對地質(zhì)年代標(biāo)號為0，并將與所述第一個極值點(diǎn)在同一層位上的極值點(diǎn)的相對地質(zhì)年代標(biāo)號為0；按照設(shè)定順序繼續(xù)檢測下一個極值點(diǎn)p，并將極值點(diǎn)在p所在同一地震道上方檢測到的極值點(diǎn)表示為p1、下方檢測到的極值點(diǎn)表示為p2，根據(jù)極值點(diǎn)p1、p2的相對地質(zhì)年代標(biāo)號對極值點(diǎn)p進(jìn)行標(biāo)號；遍歷所有三維地震數(shù)據(jù)樣點(diǎn)得到全部三維地震數(shù)據(jù)樣點(diǎn)的相對地質(zhì)年代標(biāo)號。本發(fā)明通過遍歷每行逐個層位樣點(diǎn)進(jìn)行排序，直到所有的層位樣點(diǎn)數(shù)據(jù)都被賦予相對地質(zhì)年代順序。