本發(fā)明公開了一種醫(yī)療廢水處理系統(tǒng)，包括：第一廢水處理子系統(tǒng)，其包括依次連接的格柵組件、調(diào)節(jié)池、水解酸化池、生化反應(yīng)裝置、二沉池和后處理裝置，所述調(diào)節(jié)池還與所述后處理裝置連接，用于回收所述后處理裝置處理后的水；第二廢水處理子系統(tǒng)，其包括依次連接的預(yù)處理裝置、沉淀池、消毒池II、設(shè)有脫氯機(jī)的脫氯池、調(diào)節(jié)池、水解酸化池、生化反應(yīng)裝置、二沉池和后處理裝置；以及監(jiān)測控制模塊，所述監(jiān)測控制模塊用于監(jiān)測、控制所述第一廢水處理子系統(tǒng)、第二廢水處理子系統(tǒng)的運行。本發(fā)明的有益效果是：兩套廢水處理子系統(tǒng)相結(jié)合，對不同種類廢水分別進(jìn)行預(yù)處理后再結(jié)合處理，能耗低效率高，處理效果穩(wěn)定可靠的同時節(jié)約了設(shè)備成本。