在生物反應(yīng)器中處理含有可溶性硒的廢水。反應(yīng)器中的微生物將硒還原為不溶性元素硒。在廢淤渣中從反應(yīng)器排放元素硒。將淤渣處理以回收硒。在一種方法中，用化學(xué)品(例如表面活性劑)洗滌淤渣，并且攪動，以破壞硒顆粒與細胞的粘附。隨后使用物理分離方法(例如離心機或差別過濾)將硒顆粒與細胞分離。在另一種方法中，將淤渣脫水或干燥至非常高的固體含量。在高pH條件下，使用氧化劑使硒顆粒溶解。從所得到的漿料除去固體級分。將所得到的硒鹽水進一步精煉，以回收硒。