一種基于GPU加速的化學(xué)結(jié)構(gòu)多樣性分析方法，包括：(a)讀取存儲(chǔ)設(shè)備中的查詢庫(kù)和被查詢庫(kù)中的化學(xué)結(jié)構(gòu)連接表數(shù)據(jù)到主存儲(chǔ)器；(b)將該數(shù)據(jù)分別分解為查詢庫(kù)和被查詢庫(kù)的化學(xué)環(huán)境編碼的樹(shù)狀拓?fù)渥訄D集，并存儲(chǔ)在主存儲(chǔ)器中；(c)將查詢庫(kù)和被查詢庫(kù)的化學(xué)環(huán)境編碼的樹(shù)狀拓?fù)渥訄D集分別與樹(shù)狀拓?fù)渥訄D模板進(jìn)行比較，以分別生成查詢庫(kù)和被查詢庫(kù)的二進(jìn)制數(shù)據(jù)，并存儲(chǔ)在主存儲(chǔ)器中；(d)將查詢庫(kù)和被查詢庫(kù)的二進(jìn)制數(shù)據(jù)從主存儲(chǔ)器傳輸至幀緩存；(e)GPU從該幀緩存中讀取該查詢庫(kù)和被查詢庫(kù)的二進(jìn)制數(shù)據(jù)，并計(jì)算兩者的相似度值；(f)將相似度值由幀緩存?zhèn)鬏斨林鞔鎯?chǔ)器中；(g)CPU從主存儲(chǔ)器中讀取相似度值，并輸出至存儲(chǔ)設(shè)備。