本發(fā)明涉及一種基于結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò)模型的蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)預(yù)測(cè)方法，包括：預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)；輸入關(guān)于演化、物理化學(xué)性質(zhì)、結(jié)構(gòu)以及動(dòng)態(tài)性這四個(gè)方面衡量蛋白質(zhì)中每個(gè)殘基的性質(zhì)；基于蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)對(duì)每個(gè)蛋白質(zhì)構(gòu)建其點(diǎn)加權(quán)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò)(Node?weighted?Protein?Structure?Network，NPSN)；定義并計(jì)算點(diǎn)加權(quán)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的參數(shù)；基于以上網(wǎng)絡(luò)參數(shù)，利用隨機(jī)森林模型預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)中的別構(gòu)殘基的概率。整合殘基物理化學(xué)性質(zhì)、序列信息、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)特征、動(dòng)態(tài)特征，節(jié)省時(shí)間，適用于大規(guī)模的、批量蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)預(yù)測(cè)，并提高預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。