本發(fā)明提供一種基于蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的二硫鍵預(yù)測方法，包括如下步驟：（1）輸入待進行二硫鍵預(yù)測的蛋白質(zhì)序列信息，使用SWISS?MODEL服務(wù)器獲取目的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息；（2）把所有與目的蛋白相關(guān)的結(jié)構(gòu)列出，選擇與其序列類似度最高的蛋白結(jié)構(gòu)作為目的蛋白結(jié)構(gòu)；（3）圍繞目的蛋白結(jié)構(gòu)，列出所有半胱氨酸的硫原子的空間位置坐標；（4）根據(jù)距離臨界值判斷標準預(yù)測某一對半胱氨酸側(cè)鏈硫原子之間是否形成二硫鍵，并把目的蛋白結(jié)構(gòu)中所有形成二硫鍵的半胱氨酸對列出，包括其側(cè)鏈硫原子間距。本發(fā)明直接從二硫鍵的化學(xué)定義出發(fā)，提供一種基于蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的二硫鍵預(yù)測方法，其準確性與測定蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的實驗方法的準確性完全一致。