本發(fā)明公開了一種基于分子空間位置編碼注意力神經(jīng)網(wǎng)絡模型的分子性質(zhì)預測方法。該方法通過機器學習技術將分子的3D構(gòu)象中的空間位置進行編碼，更好的表示分子中不同位置對于子結(jié)構(gòu)造成的影響以更好表征分子同時利用注意力機制的神經(jīng)網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)和門控循環(huán)網(wǎng)絡(GRU)用來預測其化學性質(zhì)。本發(fā)明充分利用了分子子結(jié)構(gòu)的拓樸關系，在公開數(shù)據(jù)集上進行實驗，有效提高了分子水溶性毒性親水性等性質(zhì)預測的效果，為藥物分子預測提供了新的方法。