本發(fā)明公開了一種基于藥物子結(jié)構(gòu)、分子字符描述信息的藥物靶標(biāo)關(guān)系預(yù)測方法，首先通過數(shù)據(jù)庫獲取藥物子結(jié)構(gòu)信息、分子字符描述信息和已知的藥物靶標(biāo)關(guān)系，然后根據(jù)這些藥物子結(jié)構(gòu)、藥物分子字符描述信息和已知的藥物靶標(biāo)關(guān)系、單獨(dú)構(gòu)建藥物之間的相似性矩陣，再將構(gòu)建的各個(gè)相似性矩陣依照權(quán)重集成為最終的藥物相似性矩陣；最后基于相似的藥物靶向的靶標(biāo)也相似的特點(diǎn)對藥物的靶標(biāo)關(guān)系進(jìn)行預(yù)測。本發(fā)明只需要根據(jù)藥物分子字符描述信息、子結(jié)構(gòu)信息來構(gòu)建相似性，不依賴于靶標(biāo)的序列等信息，并能夠?qū)θ碌乃幬锘衔镞M(jìn)行靶標(biāo)關(guān)系預(yù)測，避免了生物化學(xué)實(shí)驗(yàn)所消耗的大量人力物力。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，該方法能夠較準(zhǔn)確的預(yù)測藥物靶標(biāo)關(guān)系。