本發(fā)明提供了用于識別高分辨率質(zhì)譜的方法、系統(tǒng)和算法。在一些實施方式中，分析物被電離并使用高分辨率質(zhì)譜法(MS)在高質(zhì)量精確度(例如≤75ppm或≤30ppm)下進行分析，并且將得到的質(zhì)譜與一種或多種準候選分子或化學式進行匹配。本發(fā)明提供了，例如方法和系統(tǒng)，其中，確定可以產(chǎn)生自候選分子或化學式的可能的碎片以及這些碎片的每個的質(zhì)量。本發(fā)明提供了，例如方法和系統(tǒng)，其中，高分辨率質(zhì)譜然后與每個候選分子或化學式的計算的碎片質(zhì)量比較，并且確定對應于或能被計算的碎片質(zhì)量解釋的高分辨率質(zhì)譜部分。