本發(fā)明提供一種全轉(zhuǎn)錄組范圍同時(shí)獲取RNA豐度及活性RNA聚合酶位點(diǎn)的方法及試劑盒。該方法基于活性RNA聚合酶可在體外將未修飾的三磷酸核苷、N⁶?烯丙基三磷酸腺苷(a⁶ATP)、N⁴?烯丙基三磷酸胞苷(a⁴CTP)轉(zhuǎn)錄進(jìn)新生RNA中，經(jīng)化學(xué)處理誘導(dǎo)使修飾堿基在逆轉(zhuǎn)錄成DNA過(guò)程中發(fā)生堿基突變，然后通過(guò)核酸測(cè)序手段識(shí)別突變位點(diǎn)，進(jìn)而得到N⁶?烯丙基腺嘌呤(a⁶A)和N⁴?烯丙基胞嘧啶(a⁴C)位點(diǎn)，該位點(diǎn)即為活性RNA聚合酶原本所在的位點(diǎn)。未突變的部分即為原有的RNA，即可得到新生RNA的豐度。本發(fā)明首次實(shí)現(xiàn)了在隔離的染色質(zhì)中進(jìn)行a⁶A、a⁴C的特異性標(biāo)記，能夠借助突變測(cè)序的手段進(jìn)行定位，并利用一次測(cè)序獲取活性聚合酶位點(diǎn)與RNA豐度兩種信息。