本發(fā)明提供了微生物發(fā)酵生產(chǎn)PUFA的廢水循環(huán)再利用的方法，包括以下步驟：向發(fā)酵結(jié)束后得到的發(fā)酵液中加入復(fù)合酶系進(jìn)行破壁，離心處理，得到的油相A與水相B，油相A為PUFA油脂產(chǎn)品，水相B為發(fā)酵廢水。向發(fā)酵廢水中按10%?20%的比例接入廢水馴化的小球藻，培養(yǎng)2?3天，獲得小球藻培養(yǎng)液。將小球藻培養(yǎng)液進(jìn)行離心分離，獲取水相C與固相D；水相C為處理后發(fā)酵水，固相D為小球藻微藻蛋白。向處理后發(fā)酵水中重新添加營養(yǎng)鹽，進(jìn)行產(chǎn)PUFA油脂的微生物發(fā)酵培養(yǎng)，實(shí)現(xiàn)發(fā)酵廢水的回用。經(jīng)小球藻處理后的發(fā)酵廢水重新添加營養(yǎng)鹽后，可以100%回用于PUFA油脂的再次生產(chǎn)，且不影響發(fā)酵得率，實(shí)現(xiàn)發(fā)酵廢水的零排放和循環(huán)使用。