本發(fā)明公開一種在線治理黑臭河道水體的系統(tǒng)及方法。所述的方法包括下述步驟：1)在排污口一側(cè)沿河岸設(shè)立與主河道相互隔離的至少一個(gè)凈化通道，所述的凈化通道的進(jìn)水口與排污口連通，所述的凈化通道的出水口與主河道連通；2)在凈化通道內(nèi)對(duì)排污口排出的廢水依次利用沉淀單元進(jìn)行對(duì)廢水沉淀處理；3)對(duì)沉淀處理后廢水用厭氧單元進(jìn)行厭氧處理；4)對(duì)厭氧處理后廢水用接觸氧化單元進(jìn)行氧化處理；5)利用植物單元對(duì)氧化處理后廢水進(jìn)行再處理。可以實(shí)現(xiàn)黑臭河道主體在底泥疏浚以后快速恢復(fù)生態(tài)自凈能力，避免了治了再黑臭的惡性循環(huán)，而且不會(huì)影響河道正常的防洪排澇、通航功能。