本發(fā)明提供了從天然產(chǎn)氫菌源中篩選天然混合厭氧產(chǎn)氫微生物的有效方法。用物理方法對(duì)天然產(chǎn)氫菌源進(jìn)行處理,抑制非產(chǎn)氫微生物和病源微生物的活性,其特征在于:對(duì)天然產(chǎn)氫菌源通過(guò)強(qiáng)制曝氣法或紅外線加熱法使非產(chǎn)氫微生物和病源微生物失去活性,強(qiáng)制曝氣法是將天然產(chǎn)氫菌源和水的懸浮液在室溫～40℃的溫度條件下,通過(guò)用空氣泵進(jìn)行強(qiáng)制曝氣;紅外線加熱烘干法是通過(guò)紅外線加熱干燥的方法將天然產(chǎn)氫菌源烘干,烘干至無(wú)水份狀態(tài)將其作為產(chǎn)氫微生物用于生物制氫,可實(shí)現(xiàn)持續(xù)、穩(wěn)定、高效、經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)氫氣的目的。本發(fā)明廣泛適用于含碳水化合物的有機(jī)廢水,農(nóng)作物秸稈、農(nóng)副產(chǎn)品下腳料及其它農(nóng)業(yè)固體廢棄物的生物制氫。