本發(fā)明公開(kāi)了一種化學(xué)分子結(jié)構(gòu)檢索系統(tǒng)，包括：輸入模塊、處理模塊、檢索模塊、存儲(chǔ)模塊和輸出模塊；所述輸入模塊用于接收化學(xué)分子結(jié)構(gòu)的繪制操作，并把接收到的化學(xué)分子結(jié)構(gòu)繪制操作輸入發(fā)送至所述處理模塊；所述處理模塊對(duì)用戶的繪制操作輸入進(jìn)行處理，計(jì)算其分子指紋并把處理后的結(jié)果發(fā)送至所述檢索模塊；所述檢索模塊根據(jù)處理后的結(jié)果對(duì)存儲(chǔ)模塊中所有分子結(jié)構(gòu)的分子指紋進(jìn)行比較檢索，并結(jié)合所述存儲(chǔ)模塊中的數(shù)據(jù)將檢索的結(jié)果輸出。本發(fā)明提供的檢索系統(tǒng)可快速、準(zhǔn)確查找化合物，實(shí)現(xiàn)對(duì)化學(xué)結(jié)構(gòu)的精確檢索、子結(jié)構(gòu)檢索和相似度檢索，有效解決文本檢索存在的不直觀、不精確、效率低等多方面的問(wèn)題。