本發(fā)明涉及一種不同生理或病理條件下整體蛋白質(zhì)的定量分析方法，首先將兩組不同生理或病理條件的整體蛋白分別作為控制組與疾病組，進行還原和烷基化；對兩組烷基化的蛋白序列中賴氨酸殘基上的ε-氨基進行化學(xué)保護；將經(jīng)化學(xué)保護后的兩組蛋白質(zhì)的N端氨基進行同重標(biāo)記；同重標(biāo)記后兩組蛋白按等比例混合進行高分辨質(zhì)譜和串級質(zhì)譜分析得到一個數(shù)據(jù)組；對數(shù)據(jù)組進行定性、定量數(shù)據(jù)庫搜索，得到蛋白質(zhì)的ID及疾病組每一個蛋白質(zhì)相對于控制組的相對比例，即疾病條件下所有蛋白的上調(diào)或下調(diào)情況。與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明方法標(biāo)記效率高，準(zhǔn)確度高，適用于整體蛋白質(zhì)基于高分辨串級質(zhì)譜的定量分析。