一種氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析方法:利用KEGG數(shù)據(jù)庫中氧化葡萄糖酸桿菌的基因注釋信息和對應(yīng)酶的生物化學(xué)信息構(gòu)建反應(yīng)列表草圖;對草圖進(jìn)行修改;添加生物量合成、運輸和交換反應(yīng)形成代謝網(wǎng)絡(luò);將代謝網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)化為SBML格式,利用Matlab和COBRA?Toolbox對代謝網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行調(diào)試,分析存在的缺口和無效循環(huán),并根據(jù)調(diào)試結(jié)果進(jìn)行修正;根據(jù)代謝網(wǎng)絡(luò),利用Pajek繪制代謝網(wǎng)絡(luò)圖,并進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分析;根據(jù)代謝網(wǎng)絡(luò),利用Matlab和COBRA?Toolbox進(jìn)行魯棒性、基因必要性和通量可變性分析中的一種或多種分析。本發(fā)明分析氧化葡萄糖酸桿菌在生產(chǎn)二羥基丙酮、維生素C和葡萄糖酸等各種產(chǎn)物時的代謝狀態(tài)。
聲明:
“氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析方法” 該技術(shù)專利(論文)所有權(quán)利歸屬于技術(shù)(論文)所有人。僅供學(xué)習(xí)研究,如用于商業(yè)用途,請聯(lián)系該技術(shù)所有人。
我是此專利(論文)的發(fā)明人(作者)