本文提出了用于進(jìn)行測(cè)序的系統(tǒng)和方法，所述測(cè)序包含熒光原位測(cè)序。在一個(gè)實(shí)施例中，共焦時(shí)間延遲積分(TDI)線掃描成像系統(tǒng)可以包含在圖像傳感器前方的各種針孔和/或狹縫孔徑機(jī)構(gòu)。所述系統(tǒng)還可以包含在基底上具有聚焦條帶的結(jié)構(gòu)，其與待成像的組織樣本接觸。替代地，這些條帶可以被切割成組織樣本。所述系統(tǒng)還可以包含配置和方法，其中在流動(dòng)池的組裝期間將組織樣本放置在流動(dòng)池的反應(yīng)室內(nèi)，然后對(duì)組織樣本進(jìn)行化學(xué)操作。所述流動(dòng)池可以使用開(kāi)放式容器對(duì)組織樣本進(jìn)行化學(xué)操作。