本發(fā)明涉及一種氨基酸骨架結(jié)構(gòu)、同時(shí)具有同位素標(biāo)記及富集功能的化學(xué)交聯(lián)劑及其制備方法和應(yīng)用。氨基酸骨架具有不同的碳鏈長(zhǎng)度，包括兩種天然氨基酸：天冬氨酸、谷氨酸；三種非天然氨基酸：2?氨基?1,6?己二酸、2?氨基?1,7?庚二酸、2?氨基?1,8?辛二酸。氨基酸骨架引入同位素標(biāo)記，包括氘、碳13或氮15的一種或兩種以上。交聯(lián)劑修飾化學(xué)富集基團(tuán)，包括炔基、疊氮或生物素中的一種。本發(fā)明化學(xué)交聯(lián)劑為實(shí)現(xiàn)細(xì)胞內(nèi)原位蛋白復(fù)合體的規(guī)模化分析、細(xì)胞內(nèi)亞細(xì)胞器蛋白質(zhì)復(fù)合物規(guī)模化分析、細(xì)胞內(nèi)原位目標(biāo)蛋白質(zhì)復(fù)合物分析、蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)解析、蛋白質(zhì)?蛋白質(zhì)相互作用解析以及蛋白質(zhì)時(shí)空動(dòng)態(tài)變化分析提供重要的技術(shù)支撐。