本發(fā)明提供了測定模板核酸的核酸序列的方法,該方法無需預(yù)知模板核酸中存在的核酸序列。該方法基于關(guān)于片段質(zhì)量、任意一種核苷酸及其組合的質(zhì)量、核苷酸切割物(酶或化學(xué)切割物)的序列特異性的組合信息確定核酸片段的序列。該方法允許從頭檢測靶核酸內(nèi)的序列,而無需預(yù)知任何序列信息。該方法被稱為通過片段化進(jìn)行的部分測序(PSBF),即通過將靶序列片段化為質(zhì)量或長度與已知序列獨(dú)特相關(guān)的寡或多核苷酸而實(shí)現(xiàn)目的。這些序列的身份僅通過所用的特異性片段化方法測定,并總是不依賴于靶序列。PSBF可通過應(yīng)用電泳、質(zhì)譜或其它可被用于區(qū)分被切核酸序列片段大小的任意方法實(shí)現(xiàn)。