本發(fā)明公開了一種基于多維特征的蛋白質(zhì)性質(zhì)預(yù)測方法，在計算設(shè)備中執(zhí)行，計算設(shè)備包括蛋白質(zhì)性質(zhì)預(yù)測模型，該模型的輸入為組裝后的蛋白質(zhì)特征、輸出為預(yù)測的蛋白質(zhì)性質(zhì)，該方法包括：獲取待測蛋白質(zhì)的序列數(shù)據(jù)和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并從中分別提取待測蛋白質(zhì)的氨基酸序列特征、指定殘基特征和三維結(jié)構(gòu)圖特征，其中氨基酸序列特征代表包括氨基酸組成和物理化學性質(zhì)，指定殘基特征包括指定殘基的自身屬性和環(huán)境屬性，三維結(jié)構(gòu)圖特征包括殘基節(jié)點屬性和邊屬性；以及將所提取的三種特征組裝為蛋白質(zhì)特征，并采用蛋白質(zhì)性質(zhì)預(yù)測模型對蛋白質(zhì)特征進行處理，得到待測蛋白質(zhì)的預(yù)測性質(zhì)。本發(fā)明還一并公開了對應(yīng)的基于多維特征的蛋白質(zhì)性質(zhì)預(yù)測裝置和計算設(shè)備。