本發(fā)明公開了一種空腔工程化技術(shù)提高酶熱穩(wěn)定性和催化活性的方法，屬于生物信息學(xué)、計(jì)算化學(xué)、生物工程、生物物理及蛋白質(zhì)工程等領(lǐng)域。本發(fā)明首先以分子動力學(xué)模擬(MD)蛋白運(yùn)動，通過聚類分析挑選出代表性構(gòu)象后通過AQUA?DUCT分析模擬軌跡并篩選出蛋白內(nèi)部關(guān)鍵空腔，再篩選出組成關(guān)鍵內(nèi)部空腔附近的氨基酸殘基同時(shí)排除結(jié)合活性位點(diǎn)一定范圍的氨基酸殘基，再結(jié)合多尺度自由能計(jì)算軟件以能量為指標(biāo)對上述殘基位點(diǎn)執(zhí)行飽和突變，經(jīng)篩選獲得潛在的陽性突變體。利用本發(fā)明方法得到的陽性突變率最高達(dá)到90％，酶的熱穩(wěn)定性和催化活性均得到增強(qiáng)，具有非常高的應(yīng)用潛力。