本發(fā)明提供了一種控制玉米單倍體自然加倍QTL連鎖的分子標(biāo)記，由bnlg1380和bnlg1792兩對(duì)引物組成，以待測(cè)玉米總DNA為模板，用引物bnlg1380和bnlg1792進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)凝膠電泳分離后，獲得分子標(biāo)記多態(tài)性數(shù)據(jù)；如果擴(kuò)增產(chǎn)物具有與分子標(biāo)記bnlg1380和bnlg1792相同的目的條帶，則可判斷待測(cè)玉米含有單倍體雄花育性恢復(fù)基因，單倍體自然恢復(fù)為二倍體的概率較高；如果擴(kuò)增產(chǎn)物不具有與分子標(biāo)記bnlg1380和bnlg1792相同的目的條帶，則可判斷單倍體自然恢復(fù)為二倍體的概率很低。相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明通過(guò)分子標(biāo)記的檢測(cè)可以預(yù)測(cè)玉米產(chǎn)生的單倍體雄花自然加倍的能力，從而省去了化學(xué)加倍煩瑣復(fù)雜的過(guò)程，提高單倍體加倍效率，加速單倍體育種技術(shù)的工程化應(yīng)用。