本發(fā)明提供了一種合成DNA編碼的動(dòng)態(tài)分子庫(kù)的方法，合成步驟包括將A組和B組結(jié)構(gòu)單元中的結(jié)構(gòu)單元與含修飾基團(tuán)的DNA連接，其中，每個(gè)結(jié)構(gòu)單元含有至少兩個(gè)活性基團(tuán)；然后A組中的每個(gè)結(jié)構(gòu)單元上的一個(gè)活性基團(tuán)與B組中的每個(gè)結(jié)構(gòu)單元上的一個(gè)活性基團(tuán)發(fā)生可逆化學(xué)反應(yīng)，生成DNA編碼的動(dòng)態(tài)分子庫(kù)。從分子庫(kù)中篩選化合物的步驟包括加入靶蛋白，與靶蛋白結(jié)合的化合物富集后，加入試劑鎖定平衡。利用凝膠電泳分離純化連接在一起的DNA，通過(guò)PCR擴(kuò)增和DNA測(cè)序確定堿基序列，然后確定該堿基序列對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)單元，從而篩選出與靶蛋白結(jié)合的化合物。本發(fā)明合成了動(dòng)態(tài)分子庫(kù)，篩選過(guò)程中能夠快速富集與靶蛋白結(jié)合的化合物，操作簡(jiǎn)單、成本低，研發(fā)周期短。