本發(fā)明涉及中華鱘環(huán)境DNA數(shù)字PCR檢測方法。以提取的環(huán)境DNA為模板，使用中華鱘環(huán)境DNA數(shù)字PCR體系進行目的片段的數(shù)字PCR擴增；擴增完成后，將反應(yīng)板置于生物芯片閱讀儀中進行檢測，數(shù)據(jù)分析軟件讀取結(jié)果，顯示反應(yīng)體系拷貝數(shù)。本發(fā)明可以定量檢測大型河流水樣中的中華鱘環(huán)境DNA，無需接觸魚類個體，對生物體無損傷，對環(huán)境無負面影響，采樣方法簡單快捷，檢測體系靈敏度高，絕對定量準確度高。為大型河流中種群密度低的珍稀瀕危魚類中華鱘的群體監(jiān)測提供了高效、準確且非入侵式的調(diào)查方法，用于中華鱘聚集地調(diào)查和資源量動態(tài)監(jiān)測。