本發(fā)明提供一種基于地下結(jié)構(gòu)反演的自動(dòng)拾取磁性層埋深的方法，適用于基于重力或磁異常數(shù)據(jù)自動(dòng)計(jì)算提取地下地質(zhì)體埋藏深度；所述方法包括對(duì)原始異常數(shù)據(jù)進(jìn)行規(guī)則網(wǎng)格化，通過(guò)傅里葉變換獲取其頻譜；進(jìn)一步計(jì)算其徑向平均能譜，通過(guò)對(duì)徑向平均能譜對(duì)數(shù)值的線性擬合提取地下地質(zhì)體埋藏深度。其自動(dòng)拾取過(guò)程通過(guò)地質(zhì)體埋深特征尺度參數(shù)確定擬合波數(shù)區(qū)間，在擬合區(qū)間內(nèi)選擇三點(diǎn)或三點(diǎn)以上連續(xù)數(shù)據(jù)分別擬合并按擬合誤差最小確定最優(yōu)擬合值；根據(jù)線性擬合獲取的斜率取其負(fù)值的二分之一直接得到地質(zhì)體埋藏深度。該方法按擬合誤差自動(dòng)拾取最優(yōu)擬合值，可減少人工計(jì)算量并排除人為干擾，可用于地下結(jié)構(gòu)探測(cè)等。