本發(fā)明涉及一種益生菌復(fù)合酶制劑、具有生物發(fā)酵活性的復(fù)合材料及其應(yīng)用，所述益生菌復(fù)合酶制劑包括復(fù)合菌和復(fù)合酶；所述復(fù)合菌包括短小芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌和普通高溫放線菌的組合；所述復(fù)合酶包括復(fù)合蛋白酶、β?葡聚糖酶、木聚糖酶或果膠酶中至少兩種的組合。該益生菌復(fù)合酶制劑可廣泛應(yīng)用于畜禽類(lèi)、寵物類(lèi)的糞便清潔處理、家用或商用廚房垃圾清潔處理等領(lǐng)域，其能夠高效地發(fā)酵這些有機(jī)垃圾，將其完全腐熟成為有機(jī)肥料；氮磷鉀養(yǎng)分充足，有機(jī)質(zhì)豐富，酸堿度平衡，可以安全有效地補(bǔ)充土壤的氮磷鉀養(yǎng)分，提升土壤的有機(jī)質(zhì)含量，并提升土壤的酸堿度pH，有效緩解土壤酸化和板結(jié)的現(xiàn)象。