本發(fā)明涉及動(dòng)物糞便、能源作物及類似的有機(jī)底物的厭氧消化。該方法能夠?qū)⑾镔|(zhì)中含有的養(yǎng)分精煉成工業(yè)級(jí)的肥料。本發(fā)明還提供一種加工包括肉和骨粉等的動(dòng)物尸體或其部分的方法,其目的是提供一種加工動(dòng)物源的有機(jī)廢物的替代性方法,同時(shí)還能夠促進(jìn)肥料的生產(chǎn)。因此,本發(fā)明即使不能完全消除BSE蛋白感染素或其它任何蛋白感染素向動(dòng)物或人類傳播的危險(xiǎn),也能大大降低BSE蛋白感染素或其它任何蛋白感染素向動(dòng)物或人類傳播的危險(xiǎn)。優(yōu)選將本發(fā)明的沼氣和淤漿分離系統(tǒng)與畜牧業(yè)的運(yùn)作集成為能夠優(yōu)化畜牧業(yè)內(nèi)部性態(tài)和外部性態(tài)的整體方案。內(nèi)部性態(tài)涉及與動(dòng)物廄舍管理相關(guān)的質(zhì)量方面,包括工業(yè)消毒、動(dòng)物健康、氣體和粉塵排放及食品安全。外部性態(tài)主要涉及能源生產(chǎn)、養(yǎng)分和溫室氣體向環(huán)境的排放及高質(zhì)量食品的銷售。