一種用于生物分子分離的多通道盒(60)，包括多個聯(lián)接的盒元件(60’)。每個盒元件(60’)具有單獨分離的集成試劑(即，分離緩沖液)容器(62)，其專門用于每個分離通道。多個分離通道包括由每個盒元件本體(80)保持或在其內(nèi)部的毛細(xì)管柱(10)，并且可以不同的特性，例如不同化學(xué)性質(zhì)的不同分離介質(zhì)、不同分離長度、不同通道尺寸和內(nèi)部涂層。盒元件本體(80)包塊檢測窗口(86)。不是所有的通道都需要是可操作的。盒中的一個或多個通道的可以是不起作用的“無用通道”(例如，未配備毛細(xì)管)。毛細(xì)管(10)可在一個通道的容器/電極(66)(陽極)與另一通道的電極(67)(陰極)之間布線，從而允許使用更長的毛細(xì)管長度來限定更長的分離通道，以提高分辨率。多通道生物分離系統(tǒng)提供了高通量功能，用于在DNA/RNA/蛋白質(zhì)分析中提供更快、更高分辨率和更好的檢測靈敏度。多通道系統(tǒng)設(shè)計用于在一臺儀器中同時進(jìn)行PCR擴(kuò)增和電泳/檢測。