本發(fā)明提供可以處理原始生物樣品、進(jìn)行生物化學(xué)反應(yīng)并且提供分析讀出的系統(tǒng)。例如，系統(tǒng)可以從拭子提取DNA，擴(kuò)增來(lái)自DNA的STR基因座，并且分析被擴(kuò)增的基因座和樣品中的STR標(biāo)志物。系統(tǒng)通過(guò)使用微流體部件連接可以是宏觀流體功能的功能以整合這些功能。在一個(gè)實(shí)施方案中，系統(tǒng)包括樣品提純模塊、反應(yīng)模塊、反應(yīng)后清除模塊、毛細(xì)管電泳模塊和計(jì)算機(jī)。在某些實(shí)施方案中，系統(tǒng)包括用于進(jìn)行分析物捕獲的一次性暗盒。暗盒可以包括流體歧管，流體歧管具有宏觀流體室，宏觀流體室與將液體在室之間引導(dǎo)的微流體芯片相匹配。系統(tǒng)裝配在不大于10ft3的包圍物內(nèi)，并且可以是封閉系統(tǒng)、便攜式系統(tǒng)和/或電池操作的系統(tǒng)。系統(tǒng)可以被用于使原始樣品在少于4小時(shí)內(nèi)進(jìn)行分析。