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基于高通量測序鑒定小麥赤霉和莖基腐病菌種、毒素類型和多菌靈抗性的檢測方法

905   編輯:管理員   來源:中冶有色技術(shù)網(wǎng)  
2023-03-19 06:59:01
本發(fā)明涉及農(nóng)作物病害檢測、鑒定及防治技術(shù)領(lǐng)域,公開了一種基于高通量測序鑒定小麥赤霉和莖基腐病菌種、毒素類型和多菌靈抗性的檢測方法。包括以下步驟:S1:擴(kuò)增小麥赤霉病菌或莖基腐病菌目的基因片段;S2:混合擴(kuò)增產(chǎn)物,在Illumina平臺上進(jìn)行高通量雙端測序;S3:采用Python腳本一步自動化完成數(shù)據(jù)拆分、序列比對、比對文件轉(zhuǎn)換排序、變異檢測和基因分析。同時(shí),腳本自動統(tǒng)計(jì)分型結(jié)果,根據(jù)特異性SNP位點(diǎn)鑒定引起赤霉病菌和莖基腐病菌的11個(gè)種鐮孢菌、3種毒素化學(xué)型以及對4種殺菌劑多菌靈的抗藥突變類型。開發(fā)的特異性barcode標(biāo)簽,可以在1個(gè)擴(kuò)增子文庫中特異性標(biāo)記384個(gè)菌株。本方法適合大量病原菌的高通量檢測,能夠?yàn)閰^(qū)域性病害防控策略的制定提供重要依據(jù)。
聲明:
“基于高通量測序鑒定小麥赤霉和莖基腐病菌種、毒素類型和多菌靈抗性的檢測方法” 該技術(shù)專利(論文)所有權(quán)利歸屬于技術(shù)(論文)所有人。僅供學(xué)習(xí)研究,如用于商業(yè)用途,請聯(lián)系該技術(shù)所有人。
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