本發(fā)明通過機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域的方法，實(shí)現(xiàn)了一種化學(xué)分子結(jié)構(gòu)的圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)表征方法及裝置。包括三個步驟，步驟一為子圖采樣和編碼步驟，進(jìn)行子圖采樣并使用圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)對子圖進(jìn)行編碼；步驟二為顯著性子圖選擇步驟，引入強(qiáng)化學(xué)習(xí)篩選顯著子圖機(jī)制構(gòu)建有限的馬爾可夫過程解決顯著子圖選擇中先驗知識不足的問題；步驟三為子圖骨架圖構(gòu)建和層次化聚合步驟，構(gòu)造子圖骨架圖并進(jìn)行子圖內(nèi)和子圖間的層次化信息聚合，并通過自監(jiān)督互信息增強(qiáng)機(jī)制，實(shí)現(xiàn)一個圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)表征新框架，最終實(shí)現(xiàn)自動高精度獲得子圖表征、自適應(yīng)地捕捉化學(xué)分子結(jié)構(gòu)的重要局部結(jié)構(gòu)、可明確指出導(dǎo)致化學(xué)分子結(jié)構(gòu)性質(zhì)預(yù)測結(jié)果的具體局部結(jié)構(gòu)的方法。