本發(fā)明提供了一種化學(xué)物質(zhì)P?糖蛋白相互作用QSAR篩選方法，包括如下步驟：(1)采集數(shù)據(jù)；(2)將分子描述符的值進(jìn)行歸一化，使每個(gè)分子描述符的權(quán)重平等；(3)將得到的數(shù)據(jù)集分為訓(xùn)練集、預(yù)測(cè)集和外部驗(yàn)證集；(4)對(duì)分子描述符根據(jù)分子描述符之間的相關(guān)系數(shù)進(jìn)行篩選；(5)將MPSO與GA進(jìn)行嵌套循環(huán)，并優(yōu)化支持向量機(jī)的內(nèi)核參數(shù)與最優(yōu)特征自變量子集后即成。本發(fā)明所述的化學(xué)物質(zhì)P?糖蛋白相互作用QSAR篩選方法將MPSO與GA進(jìn)行嵌套循環(huán)，并確定SVM的最優(yōu)特征自變量子集和優(yōu)化內(nèi)核參數(shù)，在此基礎(chǔ)上構(gòu)建定量構(gòu)效關(guān)系模型，對(duì)P?gp底物類和抑制劑類化合物具有較為準(zhǔn)確的分類。