本申請(qǐng)公開(kāi)了一種藥物?蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)方法及系統(tǒng)，其中，方法包括：收集藥物?蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)的數(shù)據(jù)集；對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行預(yù)處理，得到處理后數(shù)據(jù)；基于處理后數(shù)據(jù)，進(jìn)行蛋白質(zhì)序列編碼，提取蛋白質(zhì)特征；基于蛋白特征，同時(shí)對(duì)藥物和蛋白質(zhì)的分子機(jī)制進(jìn)行編碼，得到第一編碼結(jié)果；基于處理后數(shù)據(jù)，將藥物和蛋白質(zhì)的臨床信息編碼在一起，得到第二編碼結(jié)果；根據(jù)第一編碼結(jié)果和第二編碼結(jié)果，計(jì)算藥物?蛋白質(zhì)對(duì)的相互作用概率。本申請(qǐng)同時(shí)考慮了藥物和蛋白質(zhì)的化學(xué)屬性、分子機(jī)制和臨床功能；將藥物和蛋白質(zhì)的原始特征投影到了共同的嵌入子空間中；通過(guò)分析藥物和蛋白質(zhì)的特征的一致性，探究藥物與蛋白質(zhì)的作用機(jī)制。