本發(fā)明公開了一種基于句法模式識(shí)別的藥物小分子毒性預(yù)測(cè)的方法，包括：獲取數(shù)據(jù)集；對(duì)所述數(shù)據(jù)集進(jìn)行預(yù)處理，包括將所述數(shù)據(jù)集中的所有化合物分子用SMILES表示，對(duì)所有分子的SMILES表達(dá)式做標(biāo)準(zhǔn)化處理，統(tǒng)一分子SMILES表達(dá)式中的原子、鍵、連接關(guān)系的編碼方式和順序，然后進(jìn)行去重復(fù)化處理；對(duì)預(yù)處理的數(shù)據(jù)集進(jìn)行編碼，其中通過獨(dú)熱編碼對(duì)SMILES序列的單個(gè)元素、單個(gè)數(shù)字、單個(gè)符號(hào)以及整個(gè)方括號(hào)看作一個(gè)基元片段。每個(gè)基元片段本身是具有化學(xué)意義和指向性的，任何基元片段的組合也是符合化學(xué)規(guī)則，所述所有分子的SMILES表達(dá)式轉(zhuǎn)換為向量組合；構(gòu)建句法模式識(shí)別模型；將向量組合輸入所述句法模式識(shí)別模型，預(yù)估分子是否含有特定靶標(biāo)的毒性；以及對(duì)所述句法模式識(shí)別模型進(jìn)行評(píng)估。