本公開提供了一種海岸帶地下鹵水儲(chǔ)層間水力聯(lián)系識(shí)別方法及系統(tǒng)，所述方案包括：獲取不同測(cè)定區(qū)地下鹵水樣本，并對(duì)地下鹵水的現(xiàn)場(chǎng)指標(biāo)進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)測(cè)定；采用主成分分析法選取主要水化學(xué)離子指標(biāo)，并對(duì)鹵水樣本進(jìn)行指標(biāo)測(cè)定；利用層次聚類分析方法對(duì)所述主要水成分化學(xué)離子指標(biāo)進(jìn)行聚類分析，基于聚類結(jié)果，對(duì)不同測(cè)定區(qū)地下鹵水儲(chǔ)層間的水力聯(lián)系進(jìn)行初步識(shí)別；基于高通量測(cè)序方法對(duì)鹵水樣本進(jìn)行微生物分析測(cè)試，確定不同測(cè)定區(qū)地下鹵水中微生物組成；計(jì)算不同測(cè)定區(qū)地下鹵水中微生物組成的相似度，基于所述相似度對(duì)初步識(shí)別結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，實(shí)現(xiàn)地下鹵水儲(chǔ)層間水力聯(lián)系的識(shí)別。