本發(fā)明提供一種單堿基分辨率DNA標(biāo)記和鑒定的方法，該方法基于DNA腺嘌呤的N6?烯丙基或胞嘧啶的N4?烯丙基標(biāo)記并化學(xué)處理誘導(dǎo)其在DNA復(fù)制過(guò)程中發(fā)生堿基突變，然后通過(guò)核酸測(cè)序手段識(shí)別突變位點(diǎn)，進(jìn)而得到6aA或4aC位點(diǎn)。本發(fā)明方法可用于標(biāo)記新生DNA，也可用于鑒定6mA或4mC甲基轉(zhuǎn)移酶修飾位點(diǎn)，進(jìn)一步地能夠在細(xì)胞內(nèi)部通過(guò)細(xì)胞自身代謝過(guò)程對(duì)6mA或4mC位點(diǎn)進(jìn)行特異性標(biāo)記，該標(biāo)記不但能夠原位替換細(xì)胞內(nèi)的6mA或4mC位點(diǎn)，并且能夠借助突變測(cè)序的手段進(jìn)行定位。本發(fā)明方法與現(xiàn)有DNA標(biāo)記和鑒定技術(shù)相比，由于突變位點(diǎn)可以精確到單堿基的分辨率，提升了目前普遍采用的基于抗體免疫沉淀與大規(guī)模平行測(cè)序方法檢測(cè)修飾位點(diǎn)的精度，是一個(gè)直接的單堿基鑒定方法。