本發(fā)明提供一種針對FASTQ數(shù)據(jù)的多線程快速存儲無損壓縮方法，應(yīng)用于DNA序列的壓縮，其中，所述方法包括：數(shù)據(jù)分類步驟：輸入原始FASTQ數(shù)據(jù)，并將所述原始FASTQ數(shù)據(jù)的短讀分成元數(shù)據(jù)、質(zhì)量分?jǐn)?shù)和堿基序列三個數(shù)據(jù)流；數(shù)據(jù)壓縮步驟：針對元數(shù)據(jù)，利用增量編碼方式進(jìn)行檢測并消除元數(shù)據(jù)的冗余信息；針對質(zhì)量分?jǐn)?shù)，利用比特級別的PPM預(yù)測模型和算術(shù)編碼進(jìn)行壓縮；針對堿基序列，利用固定階位的改良型算術(shù)編碼進(jìn)行壓縮；數(shù)據(jù)輸出步驟：將不同數(shù)據(jù)流的壓縮結(jié)果進(jìn)行歸檔合并，輸出經(jīng)過壓縮后的最終數(shù)據(jù)。本發(fā)明還提供一種針對FASTQ數(shù)據(jù)的多線程快速存儲無損壓縮系統(tǒng)。本發(fā)明提供的技術(shù)方案能提高壓縮效率和壓縮速度。