本發(fā)明提供一種采樣信號(hào)同步控制系統(tǒng)，包括硅片對(duì)準(zhǔn)測(cè)量模塊、以及工件臺(tái)位置測(cè)量模塊；其中，所述硅片對(duì)準(zhǔn)測(cè)量模塊包括通過外同步總線、內(nèi)同步總線、以及管理和數(shù)據(jù)總線連接的對(duì)準(zhǔn)測(cè)量CPU板卡、對(duì)準(zhǔn)測(cè)量同步控制板卡、對(duì)準(zhǔn)測(cè)量數(shù)據(jù)交換板卡、對(duì)準(zhǔn)測(cè)量并行計(jì)算板卡、對(duì)準(zhǔn)光電解調(diào)采集板卡；所述工件臺(tái)位置測(cè)量模塊包括通過自定義總線、以及管理總線連接的位置測(cè)量CPU板卡、位置測(cè)量同步控制板卡、位置測(cè)量計(jì)數(shù)板卡。本發(fā)明提供的技術(shù)方案可有效解決采樣信號(hào)同步誤差大、同步脈沖觸發(fā)失效和同步節(jié)拍漏拍以及系統(tǒng)可靠性低等問題。