本發(fā)明提供了一種燃料電池發(fā)動(dòng)機(jī)控制系統(tǒng)，屬于燃料電池技術(shù)領(lǐng)域，解決了現(xiàn)有技術(shù)低溫啟動(dòng)時(shí)間過(guò)長(zhǎng)、功率響應(yīng)速率過(guò)慢、開(kāi)關(guān)機(jī)次數(shù)過(guò)多的問(wèn)題。該系統(tǒng)包括燃料電池發(fā)動(dòng)機(jī)、雙向DC?DC變壓器、磷酸鐵鋰動(dòng)力電池、鈦酸鋰電池、換熱器和控制器。其中，燃料電池發(fā)動(dòng)機(jī)的供電端與磷酸鐵鋰動(dòng)力電池連接，并經(jīng)雙向DC?DC變壓器與鈦酸鋰電池連接，其換熱管路與換熱器的支路一連接；鈦酸鋰電池內(nèi)部設(shè)置換熱管路，與換熱器的支路二連接?？刂破鳎糜趩?dòng)時(shí)控制鈦酸鋰電池通過(guò)雙向DC?DC變壓器向燃料電池發(fā)動(dòng)機(jī)中BOP供電；啟動(dòng)后控制換熱器進(jìn)入工作模式，以使燃料電池發(fā)動(dòng)機(jī)產(chǎn)生的熱量給磷酸鐵鋰動(dòng)力電池快速升溫；在怠速工況下，控制燃料電池發(fā)動(dòng)機(jī)給鈦酸鋰電池充電。