本發(fā)明公布一種綜合利用微生物發(fā)酵法、酶法和傳統(tǒng)的酸堿法從蝦蟹殼提取甲殼素的方法。具體工藝包括：在發(fā)酵池中按照比例和次序添加培養(yǎng)基、無機(jī)酸(或有機(jī)酸)、蝦蟹殼原料、蛋白酶、微生物菌種發(fā)酵液。其中無機(jī)酸用量不超過蝦蟹殼中碳酸鈣總當(dāng)量的15％。在控溫、鼓氣或攪拌的條件下，發(fā)酵10-30小時(shí)。經(jīng)壓榨分離，回收蛋白質(zhì)和有機(jī)鈣。粗品甲殼素中殘余的碳酸鈣經(jīng)有機(jī)酸或者無機(jī)酸繼續(xù)脫鈣，壓榨分離處理，得到脫鈣率達(dá)95％以上的甲殼素成品。兩次壓榨分離所產(chǎn)生的弱酸性廢水經(jīng)處理后排放。該發(fā)明所公布的方法兼顧了可行性和經(jīng)濟(jì)性，整個工藝易于產(chǎn)業(yè)化推廣。