本發(fā)明公開了一種水產(chǎn)養(yǎng)殖尾水處理系統(tǒng)及其運行方法，該系統(tǒng)包括生態(tài)穩(wěn)定塘及潛流式人工濕地，生態(tài)穩(wěn)定塘包括圍格、組合生態(tài)浮床、推流曝氣機、水泵及生態(tài)岸坡，圍格固定于生態(tài)穩(wěn)定塘中央，圍格與穩(wěn)定塘長邊平行設(shè)置，組合生態(tài)浮床和推流曝氣機設(shè)置于圍格兩側(cè)，水泵設(shè)置于靠近人工濕地側(cè)；潛流式人工濕地包括進水渠、出水渠和濕地區(qū)域，進水渠與水泵相連，出水渠與進水渠分布于濕地區(qū)域兩側(cè)，出水渠渠底高度高于生態(tài)穩(wěn)定塘最高水位；并提供該系統(tǒng)的運行方法，本發(fā)明可以同步實現(xiàn)水產(chǎn)養(yǎng)殖廢水凈化和資源回用、減少土地使用面積、降低運行成本、減少水資源消耗，是一種具有清潔生產(chǎn)功能的水產(chǎn)養(yǎng)殖尾水處理系統(tǒng)。