本發(fā)明涉及化學(xué)發(fā)光檢測(cè)領(lǐng)域，公開了一種基于化學(xué)發(fā)光的多元分析光子晶體芯片及其制備方法和應(yīng)用，該多元分析光子晶體芯片包括芯片基底，所述芯片基底至少一側(cè)表面設(shè)置有光子晶體微陣列，所述光子晶體微陣列包括兩個(gè)以上的光子晶體位點(diǎn)；在至少一個(gè)所述光子晶體位點(diǎn)表面設(shè)置用于化學(xué)發(fā)光共振能量轉(zhuǎn)移的特異性識(shí)別體。本發(fā)明的多元分析光子晶體芯片具有含有不同結(jié)構(gòu)色的光子晶體，易于編碼，同時(shí)光子晶體作為熒光增強(qiáng)介質(zhì)，與所述光子晶體表面的特異性識(shí)別體共同形成相應(yīng)的化學(xué)發(fā)光體系，能特異性的對(duì)不同種類/或不同濃度的癌癥標(biāo)志物，藥物，微生物，分子，離子進(jìn)行高通量篩選；其體積小，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，靈敏度高，應(yīng)用范圍廣，具有特異性和選擇性。