一種用于核酸測序的方法，其包括從接收并且在終止合成測序過程中處理樣品核酸的測序儀器接收觀測到或測量到的核酸測序數(shù)據(jù)。所述方法還包括針對所述觀測到或測量到的核酸測序數(shù)據(jù)，通過測定候選序列的預(yù)測信號，使用模擬框架來產(chǎn)生一組堿基候選序列。所述模擬框架并入估算推進率(CFR)、估算不完全延伸率(IER)、估算下降率(DR)、估算再活化分子率(RMR)以及估算終止失敗率(TFR)，所述RMR大于或等于零并且所述TFR小于一。所述方法還包括從所述組堿基候選序列鑒別出一個候選序列，其在對應(yīng)于所述樣品核酸的序列時，使得求解函數(shù)最佳化。