本發(fā)明提出一種從復(fù)雜組分物質(zhì)如中藥和組合化學(xué)分子及其混合物中高通量篩選、捕獲和分離目標(biāo)分子的新方法。該方法首先針對特定目標(biāo)的雙鏈核酸結(jié)合蛋白特別是序列特異性DNA結(jié)合蛋白,如轉(zhuǎn)錄因子如NF-κB、核受體等,在固相支持物表面制備一種雙鏈核酸微陣列芯片,使其雙鏈核酸探針上嵌合雙鏈核酸結(jié)合蛋白的結(jié)合位點(diǎn),用以高通量測定量核酸結(jié)合蛋白與雙鏈核酸微陣列芯片上各結(jié)合位點(diǎn)的親合性,建立序列核酸結(jié)合蛋白與其芯片上各核酸靶點(diǎn)的結(jié)合親合性標(biāo)準(zhǔn)參數(shù)體系;再用雙鏈核酸微陣列芯片與復(fù)雜組分物質(zhì)如中藥和組合化學(xué)分子及其混合物反應(yīng),反應(yīng)后通過檢測核酸結(jié)合蛋白與其芯片上各核酸靶點(diǎn)的結(jié)合親合性變化,篩選出那些與標(biāo)準(zhǔn)參數(shù)體系比較結(jié)合親合性發(fā)生改變的核酸靶點(diǎn);將其作為核酸親合介質(zhì)連接到層析柱表面,制備特異性核酸探針層析柱;再將復(fù)雜組分物質(zhì)如中藥和組合化學(xué)分子及其混合物灌柱,用核酸探針捕獲復(fù)雜組分物質(zhì)中與核酸探針特異結(jié)合的有效分子;最后經(jīng)洗脫收獲與核酸探針結(jié)合的有效分子,進(jìn)行其化學(xué)性質(zhì)、分子生物學(xué)基礎(chǔ)及藥理學(xué)研究,開發(fā)成為核酸結(jié)合蛋白的核酸靶點(diǎn)特異性候選藥物。該發(fā)明的技術(shù)及思想體系,在基礎(chǔ)分子生物學(xué)研究,特別是序列特異性DNA結(jié)合蛋白(轉(zhuǎn)錄因子)基因表達(dá)調(diào)控,以及生物醫(yī)學(xué)研究,如序列特異性DNA結(jié)合蛋白(轉(zhuǎn)錄因子)相關(guān)疾病藥物作用機(jī)理研究和藥物性分子篩選中有廣泛而重要的應(yīng)用價(jià)值。