三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫檢索對生物高分子配位化合物 的方法, 該方法包括以下的工序, (1)對于2種以上的試驗化合物 的三維坐標(biāo)給予氫鍵性質(zhì)編號、分子力場計算用的信息及作成 構(gòu)象用的信息的第1工序; (2)從生物高分子的三維坐標(biāo), 準(zhǔn)備配 位體結(jié)合區(qū)域的物理化學(xué)的信息及空位原子的第2工序; (3)對 于第1工序準(zhǔn)備的試驗化合物的三維坐標(biāo)給予氫鍵性質(zhì)編號、 分子力場計算用的信息及制作構(gòu)象用的信息、以及以第2工序 準(zhǔn)備的配位體結(jié)合區(qū)域的物理化學(xué)的信息為基礎(chǔ), 在不斷變化 試驗化合物的構(gòu)象條件下, 使生物高分子和試驗化合物對接作 成復(fù)合體的結(jié)構(gòu), 通過評價生物高分子和試驗化合物分子間的 相互作用探索上述復(fù)合體的最穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)的第3工序; (4)根據(jù) 第3工序探索的最穩(wěn)定復(fù)合體結(jié)構(gòu)時的生物高分子和試驗化合 物的相互作用能量值, 判斷是否將該試驗化合物選擇為配位候 補化合物的第4工序及(5)對于所有的試驗化合物重復(fù)第3工序 及第4工序操作的第5工序。