一種預(yù)測(cè)小分子CYP代謝酶的代謝位點(diǎn)的方法及系統(tǒng)，包括：收集與代謝位點(diǎn)相關(guān)的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，基于不同代謝酶亞型將收集的數(shù)據(jù)整理成為不同亞型的數(shù)據(jù)集；將二維分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為三維分子結(jié)構(gòu)；將分子三維結(jié)構(gòu)中的原子類型的矢量化；將分子三維結(jié)構(gòu)中距離的矢量化；將原子類型的矢量作為圖卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中頂點(diǎn)信息矢量化矩陣，將距離的矢量作為圖卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中邊信息矢量化矩陣，根據(jù)圖卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型更新頂點(diǎn)信息，計(jì)算原子為代謝位點(diǎn)的概率；在不同CYP代謝酶亞型上根據(jù)為代謝位點(diǎn)的概率預(yù)測(cè)代謝位點(diǎn)；上述方法及系統(tǒng)，對(duì)分子與不同亞型的CYP代謝發(fā)生化學(xué)反應(yīng)的代謝位點(diǎn)預(yù)測(cè)，該預(yù)測(cè)結(jié)果可以幫助藥物化學(xué)家設(shè)計(jì)或者優(yōu)化分子結(jié)構(gòu)。