本發(fā)明提供了一種基于藥物靶點(diǎn)相似性度量的中藥復(fù)方臨床療效與適應(yīng)癥的比較分析方法。所述方法基于中藥復(fù)方的中藥化學(xué)成分及其對應(yīng)的靶點(diǎn)(基因或蛋白)，整合了生物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與模塊劃分、組方配伍加權(quán)、基因集對比分析及相似性度量等方法來比較不同中藥復(fù)方針對同一疾病或表型(癥狀)的臨床效益。具體步驟包括：獲取中藥復(fù)方的化學(xué)成分集合；獲取化學(xué)成分集合對應(yīng)的作用靶點(diǎn)集合；構(gòu)建靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)及劃分網(wǎng)絡(luò)模塊；根據(jù)中藥復(fù)方的配伍關(guān)系進(jìn)行相應(yīng)的靶點(diǎn)加權(quán)；獲取疾病或表型(癥狀)的相關(guān)基因集合；中藥復(fù)方靶點(diǎn)、網(wǎng)絡(luò)和模塊靶點(diǎn)、加權(quán)靶點(diǎn)分別與疾病或表型基因進(jìn)行基因集對比分析，利用相似性系數(shù)比較不同中藥復(fù)方對同一疾病或表型的相關(guān)性。本發(fā)明可應(yīng)用于中藥復(fù)方臨床定位、中藥復(fù)方適應(yīng)癥選擇、中藥復(fù)方比較效益分析等領(lǐng)域。