本發(fā)明涉及廢水除菌技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種禽畜養(yǎng)殖廢水發(fā)酵除菌系統(tǒng)，包括厭氧發(fā)酵模塊、化學(xué)除菌模塊、固液分離模塊、物理除菌模塊、添料模塊、檢測模塊和中控模塊，所述中控模塊用以根據(jù)沼氣濃度判定發(fā)酵程度并在判定發(fā)酵程度符合標(biāo)準(zhǔn)后控制所述檢測模塊檢測發(fā)酵后的養(yǎng)殖廢水的pH值，并根據(jù)檢測的pH值確定pH值調(diào)節(jié)劑的投入種類和投入量，當(dāng)養(yǎng)殖廢水的pH值符合標(biāo)準(zhǔn)后，中控模塊根據(jù)養(yǎng)殖廢水的含菌濃度確定殺菌劑的投入量。本發(fā)明通過發(fā)酵技術(shù)一方面可以去除一部分有害菌，再通過化學(xué)除菌模塊和物理除菌模塊進(jìn)一步除菌，提高了除菌效率，另一方面去除一部分有機(jī)物并同時轉(zhuǎn)化一部分難生物降解的有機(jī)物，降低了養(yǎng)殖廢水后續(xù)處理的難度。